Covid-19洞察NGS方法

在几个月的几个月内,2019年新型冠状病毒从区域病毒发展到全球大流行,但其分配不是唯一改变的东西。病毒基因组 - 特别是RNA病毒如新型冠状病毒 - 可以极快地积累突变,这意味着每个新感染的病毒在其基因组中具有细微变化。

这些突变,同时具有挑战性,提供了机会。通过鉴定和将病毒突变鉴定到地理来源,感染性和症状的观察中,我们可以更好模型病毒如何传播它如何在给定的感染中表现。例如,据信,基于基因组评估,纽约的大多数冠状病毒病例来自欧洲。更重要的是,这提供了基于遇到的特定病毒菌株引导治疗的可能性。

然而,许多方法 - 例如大多数病毒测试策略的定量PCR(QPCR)技术 - 不要给我们这些信息。那么我们怎么能得到它?

具有下一代测序的病原体的分子指纹纹理

在过去十年中,下一代测序(NGS)技术已经从罕见到普遍存在。QPCR基于放大材料的尺寸和/或数量的分析,QPCR扩增DNA的“块”,NGS方法允许直接读取DNA,通过核苷酸核苷酸(即,通过字母的字母)。

然而,当分析人类样品时,在所有人体DNA中发现少量病毒基因组就像在干草堆中找到针一样。由大学伦敦大学病原体基因组学单位教授的朱迪思布雷尔教授领导的传染病研究小组开发了一种使用的病毒测序方法雷竞技raybet安捷伦省素切目标浓缩研究技术。使用鉴于人冠状病毒序列的探针使用申请面板,研究人员可以从人类样品中捕获病毒序列。

然后,研究人员可以采用其NGS序列数据,将其与已知序列(“参考序列”)进行比较,并识别病毒遗传码中的突变,插入或删除。这是一种极其强大的方法,而Breuer教授,作为领导收费的研究人员之一,它已在直接从临床样本中分析病原体的应用。

在比赛中给研究人员了解SARS-COV-2的新工具

Covid-19洞察NGS方法

在过去的10年里,Breuer教授不仅仅是一种宝贵的贡献者,而不仅仅是对病原体研究领域,而是在传染病研究中的应用。利用灵活,高性能的申请平台技术,我们与布雷尔博士合作,释放了20多个病原体NGS面板作为其中的一部分雷竞技raybet安捷伦社区设计计划

为了回应Covid-19大流行,布雷尔教授的集团设计了一个申请专门委员会,用于对英国医院的突破集群进行冠状病毒测序研究。Breuer教授是英国传染病研究的领先科学家之一,成为了一部分Covid-19基因组学英国联盟上个月。


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